Missing-nin (抜け 忍, nukenin) są to ninja którzy opuścili swoje wioski,często dlatego że popełniali tam różne przestępstwa.Ninja często starają się eliminować missing-ninów. Organizacja Akatsuki składa się z dziesięciu missing-ninów z wyjątkiem Nagato i Konan, którzy są władcami Amegakure.Władcy danej wioski z której pochodzi nukenin może złagodzić kare. Najbardziej znanym przykładem jest Sasuke Uchiha, który nie został zaznaczony przez Tsunade(Piątą Hokage) na liście missing-ninów których trzeba za wszelką cene zabić i jest jeszcze szansa by dany przestępca mógł powrócić jako obywatel Konohagakure. Jednakże, zgodnie z słowami Kakashiego Hatake, missing-nin jest zwykle skazany na śmierć i żadko zdarza się takie miłosierdzie,lecz kiedy Sasuke zaatakował Kilera Bee i Raikage został uznany za przestępce na skale światową.Znani Nukenii to:
- Członkowie Akatsuki(większość)
- Misumi Tsurugi