Jōnin (上 忍, Jōnin; znaczy dosłownie "Elitarny Ninja") są na ogół bardzo doświadczonymi shinobi. Często są oni wysyłani na trudne misje wysokiej rangi ,a bardzo doświadczeni Jōnini mogą być wysyłani na misje Klasy-S. Nie jest czymś niezwykłym dla Jōnina by iść na misje samemu.
Jest to z jeszcze wiadomo, co trzeba przejść, aby stać się jednym.Większość Jōninów dostaje pod opieke trójke Geninów i razem dworzą drużyne.
Przykładowi Jōnini
- [[Neji HyuugaGay Maito ]]
- Baki